Alina Cała jest autorką książek poświęconych stosunkom polsko-żydowskim. W Asymilacji Żydów w Królestwie Polskim (1864–1897) (1989) omówiła różne ścieżki asymilacji dostępne dla polskich Żydów pod koniec XIX wieku. Wydaną pierwszy raz w 1987 i następnie kilkakrotnie wznawianą pracę Wizerunek Żyda w polskiej kulturze ludowej oparła na terenowych badaniach etnograficznych. W książce tej omawia miejsce Żyda w ludowej magii i wyobrażeniach o Wszechświecie oraz analizuje wzory pamięci zbiorowej o Holokauście i o stosunkach polsko-żydowskich przed wojną. Dokumentowała zjawisko kultu cadyków wśród ludności chrześcijańskiej. Książka ta została wydana także w języku angielskim. W książce Żyd – wróg odwieczny? Antysemityzm w Polsce i jego źródła postawiła tezę, że decydującą rolę w zaszczepieniu nowoczesnego antysemityzmu (zapożyczonego z Prus) w środowisku wiejskim odegrała inteligencja.
Opracowała także zbiory tekstów: Ostatnie pokolenie: autobiografia polskiej młodzieży żydowskiej okresu międzywojennego (2003) oraz Dzieje Żydów w Polsce 1944–1968: teksty źródłowe (1997, wspólnie z Heleną Datner).