Razem z drużyną "Tuzos" w 1999 roku wywalczył drugie w swojej karierze mistrzostwo Meksyku. Dla CF Pachuca Marcelino rozegrał 52 mecze, po czym przeszedł do UNAM Meksyk. Tam spędził dwa lata, po czym zdecydował się zakończyć karierę.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Meksyku Bernal zadebiutował w 1988 roku za kadencji trenera Mario Velarde. W 1994 roku Miguel Mejía Barón powołał go na mistrzostwa świata. Na mundialu tym reprezentacja Meksyku zajęła pierwsze miejsce w swojej grupie, jednak w 1/8 finału przegrała po rzutach karnych z Bułgarią i odpadła z turnieju. Na amerykańskich boiskach Bernal wystąpił we wszystkich czterech spotkaniach, a w zremisowanym 1:1 pojedynku z Włochami strzelił bramkę. Podczas konkursu rzutów karnych w meczu z Bułgarią wychowanek Cruz Azul nie wykorzystał swojej jedenastki. Bernal znalazł się także w kadrze swojego kraju na kolejne mistrzostwa świata. We Francji podopieczni Manuela Lapuente swój udział w turnieju także zakończyli na 1/8 finału, w których zostali pokonani przez Niemiec. Meksykański piłkarz zagrał w dwóch spotkaniach - w pojedynku z Koreą Południową w 71 minucie zastąpił Alberto García Aspe, a w meczu przeciwko Niemcom w 45 minucie został zmieniony przez Salvadora Carmonę. Po mistrzostwach Bernal zakończył reprezentacyjną karierę.