Znaczna część drewnianej zabudowy miejscowości spłonęła w czasie działań wojennych we wrześniu 1939 roku. W czasie okupacji niemieckiej, w 1940 roku, w Falenicy utworzono getto, przez które przeszło około 6,5 tys. Żydów. Zostało ono zlikwidowane 20 sierpnia 1942, kiedy to jego mieszkańcy zostali wywiezieni do obozu zagłady w Treblince.
Od 1942 roku na terenie tartaku Rubena Najwera funkcjonował również obóz pracy dla ludności żydowskiej. Więźniowie, poza jedną osobą, zostali zamordowani podczas likwidacji obozu 7 maja 1943 roku.
Po wyzwoleniu we wrześniu 1944 roku Pragi spod okupacji niemieckiej tymczasowo uruchomiono zamkniętą przed wojną gminną elektrownię w Falenicy, która do 1946 roku zaopatrywała w energię elektryczną prawobrzeżną część Warszawy.
W 1951 roku Falenica znalazła się w granicach administracyjnych Warszawy.
Ważniejsze obiekty zabytkowe dworce: Kolei Nadwiślańskiej (Warszawa Falenica) wybudowanego w latach dwudziestych i Kolei Jabłonowskiej (Falenica WKD) z 1913 roku przy ulicy Obszarowej. budynek dawnej elektrowni gminnej z 1929 roku przy ul.