Po rocznej przerwie powrócił do zmagań w Formule 1, a konkretnie do zespołu Footwork. Przez cały sezon 1994 zdobył 3 punkty i zajął 22. miejsce w klasyfikacji generalnej. W następnym sezonie wystartował w 10 wyścigach, w ostatnim wyścigu sezonu o Grand Prix Australii zdobył swoje jedyne podium w karierze, zajmując 3. miejsce.
Po kolejnej przerwie Gianni wrócił w 1997 na swój ostatni sezon do F1, wystartował w 7 wyścigach reprezentując zespół Red Bull Sauber Petronas, nie zdobywając żadnego punktu.
Po Formule 1 Po występach w F1 Morbidelli skupił się na wyścigach samochodów turystycznych. W roku 1998 wystartował w brytyjskiej serii tych wyścigów, a w latach 2000–2002 w europejskiej.
Morbidelli Ojciec Gianniego, Giancarlo Morbidelli założył zespół, który startował w motocyklowych Grand Prix.