Kariera rządowa Pod koniec lat 50. zamieszkał w Brukseli, gdzie pracował dla rządowej propagandy. W 1960 roku powrócił do kraju. W niepodległym kraju wszedł w skład rządu Patrice’a Lumumby jako sekretarz ds. obrony narodowej. Przyznano mu ponadto szefostwo w sztabie armii Konga. Jeszcze w tym samym roku przeprowadził zamach stanu i stanął na czele Rady Komisarzy. W lutym 1961 roku oddał władzę cywilom. W 1965 roku przeprowadził kolejny pucz. Obalił prezydenta Josepha Kasavubu i zaprowadził rządy dyktatorskie, ogłaszając się przy tym prezydentem. Reżim zawiesił konstytucję, rozwiązał parlament i partie polityczne. W 1966 roku Mobutu objął stanowisko szefa rządu.
W ciągu pierwszych pięciu lat rządów wzmocnił własną pozycję w państwie i doprowadził do względnej stabilizacji kraju. Znacjonalizował kopalnie miedzi w Katandze oraz zachęcał do inwestycji zagranicznych inwestorów. W kwietniu 1966 roku założył Ludowy Ruch Rewolucji, który stał się rządzącą monopartią. Mobutu Sese Seko wprowadził prawo, na mocy którego każdy nowonarodzony obywatel Zairu stawał się członkiem partii.