Profesorowie UJ doceniając talent i pracowitość Jana Hanusza widzieli w nim w przyszłości głowę planowanej katedry językoznawstwa indoeuropejskiego. Toteż Hanusz łatwo uzyskał ich wsparcie na wyjazd latem 1884 do Wiednia, gdzie dokształcał się z sanskrytologii, a w końcu tegoż roku uzyskał tam habilitację na podstawie pracy o deklinacji staroindyjskiej. W 1885 podjął Hanusz na Uniwersytecie Wiedeńskim (jako docent prywatny, tzn. bez wynagrodzenia) wykłady z języka litewskiego i z języków celtyckich. Równocześnie uczył się ormiańskiego, a wiedzę tę wykorzystał do napisania 2-tomowej pracy O języku Ormian polskich (Kraków 1885, 1888), która miała się stać bodaj najbardziej znaną jego rozprawą.
Mimo wielokrotnych pism i wielu starań profesorów krakowskich o uzyskanie dla Hanusza stanowiska profesora UJ sprawa przeciągała się w ministerstwie przez kilka lat. W tym czasie Hanusz pracował na Uniwersytecie Wiedeńskim, a wakacje wykorzystywał na badania terenowe nad dialektem czakawskim oraz językiem albańskim i greckim (częściowo fundowane zresztą przez Akademię Umiejętności).