Przez poważną kontuzję Beck zmuszony był do półtorarocznej przerwy w treningach. Po rehabilitacji, w styczniu 2004 roku miał jednak zostać zawodnikiem Crystal Palace. Problemy ze zdrowiem u duńskiego zawodnika zaczęły się jednak powtarzać, w efekcie czego Mikkel w 2004 roku zdecydował się zakończyć piłkarską karierę.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Danii Beck zadebiutował 31 maja 1995 roku w wygranym 1:0 spotkaniu przeciwko Finlandii. W 1996 roku Richard Møller Nielsen powołał go na mistrzostwa Europy. Na imprezie tej Duńczycy zajęli trzecie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Na angielskich boiskach Mikkel wystąpił w zremisowanym 1:1 meczu z Portugalią oraz przegranym 0:3 pojedynku przeciwko Chorwacji. W 2000 roku Beck znalazł się w kadrze swojej drużyny narodowej na kolejne mistrzostwa Europy. Podopieczni Bo Johanssona na Euro przegrali wszystkie spotkania i zajęli ostatnie miejsce w fazie grupowej. Mikkel na boisku pojawił się w meczach z Francją oraz Czechami.