Początek sezonu nie był zbyt udany. Praktycznie same porażki i nieliczne wygrane nie pozwalały kibicom spać spokojnie. 5 listopada 2000 roku ze stanowiska trenera zrezygnował Stanisław Iwaniak. Jego miejsce zajął Maciej Tyborowski, który ze swoim poprzednikiem znał się jeszcze z lat 70 XX wieku, kiedy to razem jako zawodnicy zdobywali pierwszy w historii klubu tytuł Mistrzów Polski. Nowy szkoleniowiec tchnął w drużynę nowego ducha, co przeniosło się także na poprawę gry. Akademicy pierwszy sezon w PLS zakończyli ostatecznie na 5. miejscu.
Sezon 2001/2002
Przed startem sezonu sponsorem tytularnym drużyny została grupa PZU, a zwiększony budżet klubu miał umożliwić w przyszłości powrót do walki o Mistrzostwo Polski. Początkowo akademicy grali jednak w kratkę, przeplatając dobre mecze z niespodziewanymi porażkami. Zaowocowało to zmianą na posadzie trenera. Tym razem stery przejął Bogusław Cieciórski, jednakże na niewiele się to zdało, czego efektem było zaledwie 7. miejsce.
Sezon 2002/2003