Od początku lat 90. zespół balansował na krawędzi ekstraligi, spadając i awansując na przemian. Od tego czasu z przerwami trwała współpraca z Rafinerią Gdańską. Ostatnie lata stały pod znakiem problemów organizacyjnych spowodowanych zadłużeniem z lat poprzednich, które w 2005 roku doprowadziły do przejęcia działalności ostatniej czynnej sekcji sportowej „Wybrzeża” przez nowy twór, kontynuujący jej tradycje. Sekcja trafiła najpierw w ręce kuratora, a następnie specjalnie powołanej Gdańskiej Korporacji Sportowej „Wybrzeże”, natomiast przed sezonem 2006 doszło do całkowitego zawieszenia działalności GKS-u i stworzenia w Gdańsku nowego klubu, który rozpoczął starty od najniższej ligi.
Poszczególne sezony SezonRozgrywki ligoweUwagiLigaMiejsce 1950W latach 1950–1951 w rozgrywkach na maszynach przystosowanych występowała sekcja Stali, która w 1957 roku została odtworzona przy LPŻ Stoczni Gdańskiej. Gdańska LO 3/3 1951 Pomorska LO 5/6 1957W latach 1957–1959 w rozgrywkach ligowych występowała sekcja LPŻ, a w latach 1960–1961 Legia (powstała w wyniku fuzji sekcji LPŻ i Legii Warszawa), która przed sezonem 1962 została jedną z sekcji Wybrzeża. III III liga (gr.