22 sierpnia 1659 r. zmarł w chińskiej prowincji Kuangsi. Został pochowany przez Zhenga w nieznanym miejscu. Jak pisze w swojej książce Edward Kajdański, Boym zmarł w czasie wędrówki. Zheng pogrzebał go i na jego mogile postawił drewniany krzyż. Było to w pobliżu ważnej drogi. Niestety były to czasy niespokojne, wojenne, Mandżurowie walczyli z Yongli i krzyż nie miał szans na to, aby pozostać, miejsce spoczynku Michała Boyma pozostaje więc nieznane.
Dzieła thumb|Cinnamomum cassia z dzieła „Briefve Relation de la Chine” (Paryż, 1654). Obserwacje poczynione podczas podróży stały się podstawą do żywej działalności pisarskiej Boyma. Pozostawił po sobie bogatą spuściznę dotyczącą wielu dziedzin.
Podczas pierwszej podróży do Chin sporządził rysunki flory i fauny Mozambiku, które wraz z opisem kraju przesłał w liście do zakonu jezuitów w Rzymie.