Stamtąd przez Tebriz, Erzerum udał się do Trapezuntu nad Morzem Czarnym, a stąd statkiem do Izmiru, gdzie pojawił się pod koniec sierpnia 1652 r. Tam ujawnił, że jest posłem cesarza Chin. Na weneckim statku dotarł w grudniu 1652 r. do Wenecji. Podróżował w stroju chińskiego mandaryna, prawdopodobnie dlatego, że jezuici mieli zakaz wstępu do Wenecji.
Tam trafił w wir europejskiej polityki. Doża Wenecji nie chciał go przyjąć, gdyż Wenecja starała się utrzymać neutralność w chińskim konflikcie. Audiencję uzyskał dopiero dzięki wstawiennictwu ambasadora Francji. Poparcie Francji wywołało negatywną reakcję Innocentego X, wspierającego przeciwników Francuzów. Nowy generał zakonu jezuitów, Gosvinus Nickiel miał Boymowi za złe angażowanie zakonu w chińskie konflikty, mogące utrudnić działalność misyjną. Zaczęto podważać nawet prawdziwość jego poselstwa. Sytuacja zmieniła się dopiero po wyborze nowego papieża, Aleksandra VII. Michał Boym, po trzech latach starań uzyskał audiencję papieską 18 grudnia 1655 r. Udało mu się uzyskać przychylność papieża dla dynastii Ming. Realnej pomocy upadającej dynastii papiestwo nie mogło jednak udzielić, dlatego też listy papieskie zawierały jedynie słowa otuchy i dyplomatyczne ogólniki. Boym udał się z Rzymu do Lizbony.