Studia i pierwsze lata na Dalekim Wschodzie Przez pierwsze 10 lat przebywał w klasztorach w Polsce (oprócz Krakowa) w Sandomierzu, Kaliszu (gdzie studiował filozofię) i Jarosławiu, przygotowując się do pracy misyjnej na Dalekim Wschodzie. Po wyświęceniu na kapłana i odbyciu tzw. trzeciej próby zakonnej, Boym poprzez Rzym, gdzie uzyskał błogosławieństwo papieża Urbana VIII, dotarł w 1643 r. do Lizbony. Stąd pod koniec roku odpłynął wraz z 10 księżmi i kilku klerykami do Makau. Droga prowadziła wokół Afryki i przez portugalskie Goa w Indiach. Początkowo, ucząc się jednocześnie języka chińskiego, wykładał w kolegium jezuickim w Makau. Później prowadził pracę misyjną na wyspie Hajnan, którą jako pierwszy Europejczyk dokładnie opisał. Po jej zajęciu przez Mandżurów (1647) pełnił posługę w Tonkinie.