Już w 1243 papież Innocenty IV zlikwidował biskupstwo pruskie i ustanowił na tych ziemiach diecezje: chełmińską, pomezańską, warmińską i sambijską. Na mocy tego postanowienia, dwie trzecie ziem z każdej diecezji miało należeć do zakonu krzyżackiego a jedna trzecia do biskupów. Przez ciągłe walki powstańcze, najazdy jaćwińskie i litewskie, ziemie wokół Reszla wraz ze strażnicą mogły przejść pod panowanie biskupie w 1275. Reszel już w 1254 przypadł biskupowi warmińskiemu – w dokumentach wymieniany jako „castrum Ressel”
W 1300 mieszczanie z Braniewa założyli przy strażnicy osadę handlową. Jej szybki rozwój pozwolił kapitule warmińskiej i wójtowi biskupiemu Henrykowi z Lutr na wystawienie 12 lipca 1337 przywileju lokacyjnego na prawie chełmińskim. Pierwszym sołtysem (burmistrzem) został braniewski mieszczanin Eleus. Miasto budowane było według wcześniej ustalonego planu. Posiada zachowany średniowieczny układ urbanistyczny. W 1372 rozpoczęto budowę murów obronnych z basztami i trzema bramami: Wysoką, Królewiecką i Rybacką. W tym czasie Reszel był trzecim co do wielkości miastem Warmii, po Braniewie i Lidzbarku Warmińskim.