Hybrydowe (desilifikowane) Powstają w wyniku intruzji skały kwaśnej w masyw ultrazasadowy (np. serpentynitowy). Charakteryzują się zawartością pierwiastków typowych dla skał ultramaficznych, które nie są powiązane genetycznie ze skałami kwaśnymi – np. Cr. W tego typu pegmatytach występują między innymi szmaragdy lub apatyt manganowy. W Polsce występują np. w kopalni rud niklu „Marta” w Szklarach lub w Wirach.
Anatektyczne Powstają na bardzo dużych głębokościach i są powiązane ze skałami wysokiego stopnia metamorfizmu jak granulity i migmatyty. Powstają w wyniku krystalizacji z wtórnej magmy anatektycznej. Przykładem są pegmatyty Gór Sowich na Dolnym Śląsku.
Modele genetyczne pegmatytów Model genetyczny Fersmana Opublikowany w 1940 roku przedstawia etapy powstawania poszczególnych rodzajów pegmatytów granitowych: + Rozwój pegmatytowy magmy granitowej według Fersmana etap magmowy pomagmowy pneumatolityczny hydrotermalny hipergeniczny geofazamagmowa Apomagmowa Bpegmatytowa Cpegmatoidowe D-Enadkrytyczne F-Ghydrotermalne H-I-Khipergenetyczna L temperatura °C90080070060050040050 proces przedpegmatytowy pegmatytowypopegmatytowy środowisko krystalizacji stop (3 fazy) roztwór fluidowy (2 fazy)hydrotermalny (3 fazy)