22 sierpnia 1883 cesarz Franciszek Józef I mianował go biskupem czeskobudziejowickim. Zatwierdzenie papieskie nastąpiło 28 września 1883. Święcenia biskupie miały miejsce 18 listopada 1883. Dzięki staranion Franza von Schönborna w 1884 zostało otwarte czeskie kolegium w Rzymie.
21 maja 1885 cesarz Franciszek Józef I mianował go arcybiskupem praskim. Papieskie zatwierdzenie nastąpiło 27 lipca 1885. W dniu 24 maja 1889 otrzymał kapelusz kardynalski. W 1894 w prywatnej kaplicy w Pradze udzielił ślubu pretendentowi do tronu Hiszpanii i Francji – Karolowi, księciu Madrytu i Bercie de Rohan. Zmarł w 1899 w Sokolovie.
Przypisy
Bibliografia Buben Milan M., Encyklopedie českých a moravských sídelních biskupů, Praha 2000, s. 301-303. hasło František Schönborn, [w:] „Encyklopedie Českých Budějovic”. Schönborn, František de Paula. Jeho eminencí kardinál František de Paula Schoenborn kníže-arcibiskup Pražský : Nástin a příběhy z jeho života a smrti jakož i vypsání pohřeb, Praha 1899. Krótka biografia na "Catholic-Hierarchy" Biografia w