Jako siedzibę orderu utrzymano kościół mariacki w Brandenburgu, ale członkowie z południowych stron kraju otrzymali wkrótce (1459) własną siedzibę kapitulną w kaplicy św. Jerzego przy kościele św. Gumberta w Ansbach. Po wyborze Albrechta Hohenzollerna, rycerza Łabędzia, na wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego (1511) order otrzymał trzecią kaplicę na zamku w Królewcu, późniejszą kaplicę koronacyjną królów pruskich. Po nadejściu reformacji zakon/order Łabędzia stracił znaczenie: od 1543 nie przyjmowano już nowych członków, ostatni komtur w Brandenburgu zmarł w 1547, kościół i klasztor popadły w ruinę, niemniej jednak zakon/order nigdy nie został formalnie rozwiązany.
W 1843 król pruski Fryderyk Wilhelm IV, wielbiciel romantyzmu i postaci legendarnego Lohengrina, odnowił order powołując się na fakt, że nigdy nie wygasł, i nadał mu nowe statuty: miał być otwarty dla obojga płci, dla wszystkich wyznań chrześcijańskich, i jako cel posiadać szerzenie pomocy cierpiącym i poszkodowanym przez wojny i katastrofy przyrody, wkrótce jednak poprzez rewolucję 1848 oraz późniejszą chorobę nerwową króla order poszedł znowu w zapomnienie, choć nadano parę egzemplarzy członkom domów panujących, m.in.