Był również organizatorem i sędzią filatelistycznym na wielu ogólnopolskich i międzynarodowych wystawach filatelistycznych, a do jego najważniejszych osiągnięć w tym zakresie należy zaliczyć funkcję przewodniczącego sądu konkursowego na Światowej Wystawie Filatelistycznej „Polska '73” i Światowej Wystawie Filatelistycznej „Polska '93”, które odbyły się w Poznaniu oraz funkcję przewodniczącego komitetu organizacyjnego tej pierwszej. W 1981 roku w uznaniu zasług został Członkiem Honorowym PZF. Był również członkiem Polskiej Akademii Filatelistyki.
Działalność za granicą Jan Witkowski był również jednym z najbardziej znanych i cenionych polskich filatelistów za granicą. Uczestniczył w licznych kongresach FIP (Międzynarodowa Federacja Filatelistyki) oraz był reprezentantem PZF na wielu zagranicznych wystawach filatelistycznych. W 1962 roku został współzałożycielem Międzynarodowego Stowarzyszenia Dziennikarzy Filatelistycznych (AIJP), którego był wiceprezydentem w latach 1973–1993. Ukoronowaniem międzynarodowej działalności Jana Witkowskiego było przyznanie w 1992 roku przez FIP medalu „Award of Appreciation” za całokształt działalności na arenie międzynarodowej.