Jednak dzięki wsparciu armii brytyjskiej, powstanie kurdyjskie zostało stłumione i Mustafa musiał się poddać.
Barzani pozostawał pod nadzorem aż do 1943, kiedy to Irak odczuł skutki II wojny światowej. Wtedy, razem z jego bratem Ahmedem oraz trzystoma ludźmi, udało im się przedostać do Osznawije, gdzie pod kierownictwem wysłanników ze Związku Radzieckiego formowano podwaliny pod państwo kurdyjskie.
Republika Kurdystanu w Mahabadzie 15 grudnia 1945 oddziały kurdyjskie pod wodzą Mustafy Barzaniego zajęły Mahabad, który stał się stolicą proklamowanej 22 stycznia 1946 Republiki Kurdystanu. Prezydentem republiki został Muhammad Qazi, przewodniczący Demokratycznej Partii Kurdyjskiego Iranu. Mustafa Barzani został natomiast mianowany ministrem obrony oraz dowódcą sił zbrojnych. Podczas irańskiej inwazji na nowo powstałą republikę szybko wsławił się zwycięstwami w potyczkach z wrogimi oddziałami.
W maju 1946 wojska ZSRR wycofały się z terenów Iranu, co było następstwem umowy zawartej na konferencji jałtańskiej. W efekcie siły kurdyjskie straciły swojego głównego sojusznika i już w grudniu tego samego roku Mahabad został odbity przez siły irańskie.