Rebelia (1996–2006) thumb|180px|Prachanda, lider partii i dwukrotny premier Nepalu Zbrojnym ramieniem maoistów była Armia Wyzwolenia Narodowego. Powstańcy aktywni byli w 68 z 75 dystryktów Nepalu. Do 2006 roku w 32 utworzyli oni regionalne rządy ludowe podporządkowane krajowemu Ludowemu Rządowi Rewolucyjnemu. W 2006 roku liczbę rebeliantów szacowano na 4 do 5 tysięcy członków kadry partyzanckiej i kilkanaście tysięcy ochotników wsparcia. Partyzantka utrzymywała się z napadów na banki, wymuszeń od przedsiębiorców oraz dobrowolnych składek sympatyków.
W strefach kontrolowanych przez Armię Wyzwolenia Narodowego realna władza należała do KPN (Maoistowskiej). Maoiści przeprowadzili reformy zapewniające wieśniakom równy dostęp do zasobów, zorganizowali własny system sądownictwa (przykładowo gwałciciele byli skazywani na karę, jaką zażyczyła sobie ofiara), tworzyli przychodnie i szkoły oraz dbali o rozwój rolnictwa. Reformy zapewniły im poparcie większości Nepalczyków.