W latach 1993–2007 w strukturze wydziału działały trzy instytuty:
Instytut Systemów Inżynierii Środowiska Instytut Ogrzewnictwa i Wentylacji Instytut Zaopatrzenia w Wodę i Budownictwa Wodnego
W 1996 na kierunku Inżynieria Środowiska utworzono specjalność Inżynieria Komunalna, prowadzoną na studiach inżynierskich wieczorowych i zaocznych. W roku akademickim 1999/2000 wprowadzono trzystopniowy system studiów: studia inżynierskie, magisterskie i doktoranckie.W 2007 przeprowadzono kolejną reorganizację. Rozwiązano instytuty wydziałowe i wprowadzono strukturę zakładową. Z dotychczasowych instytutów wyłoniły się:
Zakład Biologii Zakład Budownictwa Wodnego i Hydrauliki Zakład Informatyki i Badań Jakości Środowiska Zakład Klimatyzacji i Ogrzewnictwa Zakład Ochrony i Kształtowania Środowiska (od 2011 Katedra Ochrony i Kształtowania Środowiska) Zakład Systemów Ciepłowniczych i Gazowniczych Zakład Zaopatrzenia w Wodę i Odprowadzania Ścieków
Wydział Instalacji Budowlanych, Hydrotechniki i Inżynierii Środowiska (2015-2025)