thumb|Tablica upamiętniająca 400 lat pobytu bonifratrów w Polsce. W miejscu gdzie znajdował się ich pierwszy kościół, klasztor i szpital. Kraków ul. św. Jana 22. thumb|Stary szpital i klasztor bonifratrów oraz kościół Świętej Trójcy,Kraków ul. Krakowska 48.
Bonifratrzy, łac. fratres misericordiae b. Joannis de Deo (łac. bonus frater – dobry brat) – katolicki zakon szpitalny założony (początkowo jako wspólnota świecka) w 1540 roku w Hiszpanii przez św. Jana Bożego w celu opieki nad chorymi. W 1572 zatwierdzony przez papieża Piusa V.
Reguły zakonu wzorowano na regule św. Augustyna. Od 1586 członkowie zakonu składają dodatkowy ślub: troski o chorych, zwany ślubem szpitalnictwa.
thumb|Grobowiec Bonifratrów na Cmentarzu Rakowickim Jako zakon szpitalny specjalizują się w ziołolecznictwie. Ponadto prowadzą własne szpitale, apteki, przychodnie podstawowej opieki zdrowotnej, poradnie ziołolecznictwa oraz opiekują się chorymi psychicznie.
Największe straty osobowe zakon poniósł w czasie wojny domowej w Hiszpanii, kiedy to z rąk organizacji lewicowych zginęło 98 bonifratrów. 71 z nich beatyfikował w 1992 r. papież Jan Paweł II.