W roku 1990 powstał pierwszy taki rezerwat o powierzchni 8,5 haPółnocnopodlaskie Towarzystwo Ochrony Ptaków Zielone Brygady, nr 3(21)/91, marzec '91.
Główna działalność PTOP związana jest z ochroną terenów podmokłych, będących siedliskiem wielu zagrożonych gatunków ptaków. Towarzystwo kupuje lub dzierżawi cenne przyrodniczo nieużytki, gdzie tworzone są „Ostoje ptaków PTOP”. Obecnie jest to teren ponad 1900 ha, głównie w Puszczy Białowieskiej, Knyszyńskiej, dolinach Biebrzy i Narwi.
Podjęto prace nad odtwarzaniem zdegradowanych przez człowieka terenów stanowiących jeszcze niedawno siedlisko rzadkich gatunków ptaków. Obecnie renaturalizacja prowadzona jest w Bagiennej Dolinie Narwi (przypuszczalnie największy projekt renaturalizacyjny w Europie, obejmujący tylko w jednym miejscu ok. 500 ha terenów), Bagnie Tykocin.
Towarzystwo zajmuje się monitorowaniem stanu i badaniem zmian w awifaunie Polski. Prowadzona jest działalność edukacyjna, mająca na celu szerzenie świadomości społeczeństwa na temat ochrony ptaków.
PTOP posiada kilka stacji terenowych m.in.