Kolejnym klubem Scotta w karierze był holenderski FC Utrecht. Tam grał tylko do końca sezonu 1997/1998, a latem został piłkarzem SBV Vitesse, z którym był czwarty w Eredivisie. W 1999 roku odszedł do FC Twente. Był jednym z najlepszych strzelców zespołu i spędził w nim pełne cztery sezony. W 2001 roku zdobył z Twente Puchar Holandii, a w sezonie 2001/2002 wystąpił w rozgrywkach Pucharu UEFA. Latem 2003 roku powrócił do Aberdeen i po rozegraniu jednego sezonu postanowił zakończyć piłkarską karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1989/90 Aberdeen F.C.
Premier League 2 0 1990/91 Aberdeen F.C.
Premier League 21 6 1991/92 Aberdeen F.C.
Premier League 33 5 1992/93 Aberdeen F.C.
Premier League 29 13 1993/94 Aberdeen F.C.
Premier League 25 4 1994/95 Aberdeen F.C.
Premier League 12 6 1995/96 Aberdeen F.C.
Premier League 24 9 1996/97 Aberdeen F.C.
Premier League 19 0 1997/98 Borussia Dortmund
Bundesliga 10 1 1997/98 FC Utrecht
Eredivisie 14 5 1998/99 SBV Vitesse
Eredivisie 18 4 1999/00 FC Twente
Eredivisie 31 8 2000/01 FC Twente
Eredivisie 23 7 2001/02 FC Twente
Eredivisie 27 4 2002/03 FC Twente
Eredivisie 22 2 2003/04 Aberdeen F.C.
Premier League 21 8