Po podliczeniu wszystkich głosów, 3 stycznia 2009 John Atta-Mills został ogłoszony zwycięzcą wyborów prezydenckich z wynikiem 50,23% głosów (różnica 40 tysięcy głosów poparcia)„Opposition leader wins Ghana poll”, BBC News, 3 stycznia 2009.. Prezydent elekt obiecał być „prezydentem dla wszystkich”. Podziękował wszystkim swoim rywalom za dobrą walkę wyborczą i wyraził chęć współpracy z nimi w budowaniu lepszego państwaGhanian president-elect promises to be „president for all”, People’s Daily Online, 5 stycznia 2009..
7 stycznia 2009 John Atta-Mills został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta kraju. Uroczysta ceremonia odbyła się na przystrojonym w barwy narodowe Placu Niepodległości w Akrze. Wzięło w niej udział 5 tysięcy zaproszonych gości oraz tłumy ludności stolicy. Wśród obecnych byli przedstawiciele kilkunastu krajów afrykańskich i byłych potęg kolonialnych, m.in. Laurent Gbagbo, Ellen Johnson-Sirleaf oraz Blaise Compaoré„Atta-Mills takes over reins of power in Ghana”, France 24, 7 stycznia 2009.„Mills Sworn In Today”, Modern Ghana, 7 stycznia 2009..