Rok później, u schyłku wojny, uzyskał zgodę przełożonych na rozpoczęcie uniwersyteckich studiów medycznych w Krakowie. Przebywał w tym mieście 31 października 1918, w chwili rozbrajania wojsk austriackich, i jak sam wspominał niespełna sześćdziesiąt lat później w liście do Karola Estreichera, przez przypadek przypadła mu w udziale rola uruchomienia dzwonu Zygmunt w celu oznajmienia mieszkańcom o przejęciu twierdzy krakowskiej przez Polaków. W listopadzie wstąpił do Legii Oficerskiej 5 Puku Legionów Polskich.

Rozpoczął studia na Uniwersytecie Jagiellońskim, ale z uwagi na napiętą sytuację na ziemiach polskich i konieczność dalszej służby, już w polskim mundurze, ukończył je z opóźnieniem, biorąc w latach 1918–1920 udział w walkach o Przemyśl, Lwów, Janów; przez pewien czas był referentem w Wydziale Organizacyjnym Szefostwa Sanitarnego Naczelnego Dowództwa, otrzymywał też kolejne awanse: w listopadzie 1919 na porucznika, w 1920 na kapitana. Po zakończeniu wojny z bolszewikami został odkomenderowany na studia w Uniwersytecie Jagiellońskim. W tym czasie pozostawał oficerem nadetatowym 5 Batalionu Sanitarnego w Krakowie.