W konsekwencji, obligatoryjnie zmieniono zapis ich nazwisk, z powrotem na brzmienie greckie, zhellenizowano również szkolnictwo.
W dniu 9 kwietnia 1941 roku miasto zostało zajęte przez wojska niemieckie. W następstwie tego, miasto dawniej nazywane przez Żydów „Drugą Jerozolimą”, znalazło się pod okupacją niemiecką. Wymordowano wtedy prawie 60 tys. salonickich Żydów (97% społeczności żydowskiej miasta).
W okresie okupacji niemieckiej Grecja i sąsiednia Jugosławia wyróżniały się prężnym ruchem oporu. W Salonikach jego bohaterem został sportowiec i konspirator Jerzy Iwanow-Szajnowicz. Istnieje o nim m.in. książka i film Agent nr 1. Największa do niedawna hala sportowa Salonik nazwana została Ivanofo. Iwanow jest bohaterem tak dla polskiego, jak i greckiego narodu.
Klimat
Położone nad morzem miasto leży w strefie klimatu śródziemnomorskiego Średnia rocznych opadów wynosi . Opady śniegu są sporadyczne. Przez większą część lata temperatury są tu przeciętnie o 2 stopnie niższe, niż w Atenach. Jednak tereny Grecji położone bezpośrednio na Północ od Salonik leżą już w strefie przejściowej, z cechami klimatu śródziemnomorskiego i kontynentalnego, z dużymi opadami śniegu.