W maju 1997 Święty Synod gruzińskiej cerkwi ogłosił swoje wycofanie z tej organizacji.
Był zwolennikiem monarchii konstytucyjnej i opowiadał się za powrotem dynastii Bagratydów na tron GruzjiGeorgian Church Calls for Constitutional Monarchy..
W 2007, w związku z ujemnym przyrostem naturalnym w Gruzji, Eliasz II wprowadził zwyczaj chrzczenia każdego trzeciego i kolejnego dziecka w rodzinie osobiście przez patriarchę, co stało się jedną z przyczyn wzrostu liczby urodzeń w krajuT. Esslemont, Church leader sparks Georgian baby boom..
W czasie wojny w Osetii Południowej w 2008, podobnie jak patriarcha moskiewski i całej Rusi Aleksy II, apelował do obydwu walczących stron o pokój i wyraził żal z powodu wybuchu konfliktu między dwoma narodami wyznającymi prawosławie. Udał się również z wizytą, w czasie której dostarczył pomoc humanitarną, do zajętego przez Rosjan Gori. Rosyjskie twierdzenia o „gruzińskim ludobójstwie” w Osetii określił jako kłamstwaS.