Zmarł on w 1977; wówczas XII Sobór Lokalny Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego wybrał metropolitę Eliasza na nowego Katolikosa-PatriarchęNowy Zwierzchnik Prawosławnego Kościoła Gruzińskiego Jego Świątobliwość Katolikos-Patriarcha Całej Gruzji Eliasz II-gi, „Wiadomości Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego”, nr 1–2/1979, s. 108.. Jego intronizacja odbyła się 25 grudnia 1977 w soborze Sweti Cchoweli.
Patriarcha thumb|Eliasz II z wiernymi W momencie objęcia urzędu Katolikosa-Patriarchy całej Gruzji przez Eliasza II Gruziński Kościół Prawosławny liczył 15 eparchii (z czego pięć nieobsadzonych) z 34 zarejestrowanymi parafiami i czterema działającymi półlegalnie monasterami. W skład episkopatu wchodziło siedmiu hierarchów. Z powodu ateistycznej propagandy radzieckiej prawosławie praktykował niewielki odsetek społeczeństwa Gruzińskiej SRR. Już w pierwszym roku sprawowania urzędu Eliasz II przeprowadził cztery chirotonie biskupie i przyczynił się do powiększenia liczby czynnych świątyń do 46. Apelował o otwieranie dla potrzeb kultu kolejnych świątyń i klasztorów odebranych Cerkwi w ZSRR. W 1978 decyzją Świętego Synodu Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego Kościół otworzył Wydział Wydawniczy i zaczął wydawać własną prasę.