Działalność w Gruzji Po powrocie do Gruzji hieromnich Eliasz podjął pracę duszpasterską w soborze św. Mikołaja w Batumi; w grudniu 1960 został proboszczem działającej przy nim parafii, którą to funkcję pełnił przez siedem lat. W 1960 został igumenem, zaś rok później – archimandrytą.
25 sierpnia 1963 miała miejsce chirotonia archimandryty Eliasza na biskupa szemokmedzkiego, wikariusza Katolikosa-Patriarchy Gruzji. Jako konsekratorzy wzięli w niej udział patriarcha Efrem II, metropolita urbniski Dawid, metropolita kutaisko-gajenacki Naum, biskup suchumski i abchaski Leonid oraz biskup stiepanawski Zenobi. 17 maja 1969 biskup Eliasz otrzymał godność metropolity. Od 1964 kierował jedyną uczelnią teologiczną w Gruzińskiej SRR – kursami teologicznymi w Mcchecie, zorganizowanymi wbrew stanowisku władz przez patriarchę Efrema II, od 1965 posiadającymi status seminarium duchownego. Funkcję tę spełniał do 1972.