W 1998 roku Vasco da Gama z Carlosem Germano w bramce dotarło do finału Copa Libertadores, a tam okazało się lepsze od ekwadorskiej Barcelony (2:0, 2:1). W tym samym roku Carlos został także mistrzem swojego stanu i zdobył Taça Guanabara. Wystąpił też w przegranym 1:2 Pucharu Interkontynentalnego z Realem Madryt. W Vasco da Gama Germano grał jeszcze w 1999 roku, a łącznie dla tego klubu rozegrał 119 meczów w lidze brazylijskiej.
Na początku 2000 roku Carlos Germano odszedł z Vasco po kłótni z prezesem klubu. Został bramkarzem Santosu FC, ale rozegrał tam tylko jeden sezon i wystawiono go na listę transferową (klub nie był w stanie wypłacić należności finansowych). W 2001 roku odszedł na zasadzie wolnego transferu do Portuguesy São Paulo i tam, podobnie jak w Santosie, spędził jeden sezon. W 2002 roku wrócił do Rio i grał w Botafogo. W 2003 roku był bramkarzem Paysandu SC Sport Club, w 2004 – América Rio de Janeiro, a w 2005 – Madureira Esporte Clube. Latem tamtego roku wyjechał do portugalskiego FC Penafiel, z którym spadł z pierwszej ligi, a w 2006 roku zakończył karierę.