W latach 1602–1607 rozgorzał spór o obsadę probostwa w Opawie. Mieszczanie odmówili przyjęcia katolickiego proboszcza. Z inicjatywy Franza von Dietrichsteina konflikt zakończył się użyciem wojska. Przez 8 miesięcy żołnierze stacjonowali w mieście. W tym czasie usunięto ewangelickich duchownych, a mieszczan zmuszono do konwersji na katolicyzm lub emigracji.
Dzięki porozumieniu biskupa z Karolem Starszym z Žerotína Morawy nie przyłączyły się w 1618 r. do powstania stanów czeskich, stanowiącego (jak się później okazało) wstępny etap wojny trzydziestoletniej. Po zwycięstwie powstańców Dietrichstein został początkowo internowany w swoim pałacu w Brnie, a następnie wygnany z Moraw. Wyjechał początkowo do Mikulova, a następnie do Wiednia. Po klęsce powstańców w bitwie na Białej Górze zabiegał o niskie kary dla buntowników. W styczniu 1621 cesarz Ferdynand II mianował go gubernatorem Moraw. W 1622 doprowadził do ułaskawienia wszystkich skazanych na śmierć na Morawach. Równocześnie powiększył swój majątek wykupując skonfiskowane dobra powstańców. 26 marca 1624 Franz von Dietrichstein został podniesiony do stanu książęcego z prawem adopcji. Kardynał w 1631 przeniósł godność książęcą na swojego bratanka Maksymiliana.