W przerwie sezonu 1997/1998 Mladen zasilił grający w Jupiler League Sint-Truidense VV, z którym zajął kolejno 14., 9. i 13. miejsce w lidze. Rozegrał 74 spotkania i zaliczył 21 trafień. W 2000 roku słoweński piłkarz podpisał kontrakt z Portsmouth. Występował z nim w rozgrywkach Football League Championship, w których „Pompey” najpierw zajęli 20., a później 17. lokatę. Na Fratton Park Słoweniec spędził 2 sezony i przez ten czas rozegrał tylko 14 meczów. W 2002 roku powrócił do kraju, gdzie zasilił Olimpiję Ljubljana. W jej barwach wystąpił w 48 ligowych pojedynkach, w których strzelił tylko pięć bramek.
Nstępnie Rudonja przeniósł się do grającego w cypryjskiej lidze Apollonu Limassol. W 11 spotkaniach 2 razy wpisał się na listę strzelców, a zimą odszedł do Anorthosisu Famagusta. Razem z nim zdobył mistrzostwo kraju, ale na boisku pojawił się tylko trzy razy. W 2005 roku Mladen przeniósł się do FC Koper, gdzie występował już w trakcie sezonu 1994/1995. W 2007 roku wychowanek Izoli Argeta przeszedł do nowej Olimpiji Lublana, gdzie w 2009 zakończył karierę.