Kariera trenerska Ján Tánczos po zakończeniu kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. W latach 1989–1993 wspólnie z Ludkiem Maturą był trenerem reprezentacji Czechosłowacji, która pod ich wodzą zdobyła brązowy medal w konkursie drużynowym igrzysk olimpijskich 1992 w Albertville i mistrzostw świata w lotach 1992 w Harrachovie, 2. miejsce (1990) i 3. miejsce (1992) w Pucharze Narodów, a po rozpadzie Czechosłowacji w 1993 roku wraz z Ludkiem Maturą dokończył sezon 1992/1993, trenując wspólną reprezentację Czech i Słowacji, która w konkursie drużynowym zdobyła wicemistrzostwo świata 1993 w szwedzkim Falun, a ich zawodnik – Jaroslav Sakala odnosił indywidualnie sukcesy: 3. miejsce w Turnieju Czterech Skoczni 1992/1993, srebrny i brązowy medal mistrzostw świata 1993, 2. miejsce w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata 1992/1993 oraz zdobycie Pucharu Świata w lotach 1992/1993. Po sezonie 1992/1993 został trenerem reprezentacji Słowacji, którą trenował do 2002 roku.