Od 1961 roku do przejścia na emeryturę w 1972 roku pracował w Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie.
Malował obrazy olejne, akwarele, gwasze i rysunki, tworzył też dekoracje wnętrz, m.in. dla Pałacu Kultury i Nauki w Warszawie. Był autorem dekoracji na ulicy Długiej w Gdańsku, a także polichromii na rynku w Lublinie.
Od 7 lipca 1931 był mężem Zofii Babczyk.
Zmarł 23 czerwca 1988 roku w Warszawie, został pochowany na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera K-4-7)Wyszukiwarka cmentarna – Warszawskie cmentarze.
Ordery i odznaczenia Złoty Krzyż Zasługi (19 lipca 1955) „w 10 rocznicę Polski Ludowej za zasługi w dziedzinie kultury i sztuki”. Medal 10-lecia Polski Ludowej (25 marca 1955) - Uchwała Rady Państwa z dnia 25 marca 1955 r. nr 0/431 - na wniosek Ministra Kultury i Sztuki.
Nagrody Nagroda Państwowa III stopnia (zespołowa) za obraz Pierwszomajowa manifestacja w roku 1905 wystawiony na Ogólnopolskiej Wystawie Plastyki (1952)
Upamiętnienie Odsłonięcie w dniu 16 czerwca 2018 tablicy pamiątkowej ku czci Jana Wodyńskiego na ścianie budynku w Jaśle, który stoi na miejscu jego przedwojennego domu. W 2019 roku powstał film o życiu i twórczości Jana Wodyńskiego, który wyreżyserował artysta malarz Łukasz Wodyński.