Po wybuchu II wojny światowej został aresztowany (26 sierpnia 1940) i trafił do obozu przejściowego w Szczeglinie (powiat mogileński), a następnie do niemieckiego obozu koncentracyjnego Sachsenhausen (KL) i zarejestrowany jako numer 29935. Ostatnim etapem jego życia okazał się obóz Dachau, gdzie trafił 14 grudnia tegoż roku jako więzień numer 22813. Odmówił zrzeczenia się kapłaństwa dla odzyskania wolności i zmarł zamęczony wycieńczająca pracą.
Według relacji świadków jego ostatnim przesłaniem były wypowiedziane do biskupa Franciszka Korszyńskiego słowa:
Beatyfikowany przez papieża Jana Pawła II w Warszawie 13 czerwca 1999 w grupie 108 polskich męczenników.
Upamiętnienie Od 2006 roku Dominik Jędrzejewski jest duchowym patronem miasta Kowal. Od 2000 roku jest on patronem straży gminnej.
Jego wspomnienie liturgiczne obchodzone jest na świecie w dzienną pamiątkę śmierci. Kościół katolicki w Polsce wspomina bł. Dominika w grupie 108 męczenników 12 czerwca.
Uchwałą Rady Miejskiej Turku nr XXX/321/01 z dnia 26 czerwca 2001 r.