Formy lądowe zwykle zamieszkują siedliska wilgotne, z dużą zawartością wody, w tym wilgotną ściółkę, butwiejące drewno, odchody ssaków, a rzadziej ptaków, padlinę, wilgotne płaty mchów, gnijące owoce i inne szczątki roślinne, owocniki grzybów i śluzowców czy wycieki soków z drzew. Nieliczne kałużnicowate znajdywane są w siedliskach suchszych, np. w mrowiskach, termitierach i na kwiatach. Formy lądowe dominują w podrodzinie gomolatek, a w pozostałych podrodzinach większość stanowią formy wodne.
W Europie bentosowe kałużnicowate uznane zostały na potrzeby punktacji w systemie BMWP za charakterystyczne dla wód o przeciętnych parametrach jakościowych.
Interakcje międzygatunkowe Pokarm thumb|left|Rygmondus z podrodziny Cylominae, jedyny pyłkożerca w całej rodzinie thumb|left|Larwa konsumująca ofiarę wyniesioną ponad taflę wody thumb|Larwa kałużnicy zjadająca ślimaka Postacie dorosłe w większości przypadków żerują na rozkładającej się materii organicznej, rzadziej na żywych glonach czy roślinach wyższych. Zwykle dla udanego rozrodu nawet gatunki niedrapieżne wymagają uzupełnienia diety białkiem zwierzęcym, stąd sporadycznie żerują na padlinie, a nawet żywych zwierzętach. Największe osobniki są w stanie polować na ślimaki, kijanki czy małe ryby. Istotnym wyjątkiem jest Rygmondus, którego owady dorosłe żerują na pyłku (melitofagia).