Elizabeth zmarła w 1624.
Na tytułowej stronie czwartego i ostatniego tomu madrygałów Weelkesa, opublikowanego w roku 1608, było napisane, iż był on "Panem Kaplicy Królewskiej"; jednak jego imię nie pojawia się w zapisach Kaplicy Królewskiej, więc prawdopodobnie pełnił ten urząd bardzo krótko.
Weelkes skłócił się z władzami Katedry z powodu swego pijaństwa i niestosownego zachowania. W roku 1609 zarzucano mu częste nieobecności w pracy, którą w końcu stracił (z powodu grania na organach po pijanemu i używania wulgarnego języka). Stanowisko swoje odzyskał, lecz nadal jego zachowanie budziło kontrowersje.
Zmarł prawdopodobnie 30 listopada 1623. Taka data widnieje na jego testamencie. Nazajutrz, 1 grudnia 1623, został pochowany w St. Bride’s Church przy Fleet Street w Londynie. W Katedrze w Chichesterze znajduje się tablica pamiątkowa poświęcony kompozytorowi.
Twórczość Thomas Weelkes jest znany ze swej muzyki wokalnej, szczególnie madrygałów i muzyki sakralnej. Weelkes napisał więcej anglikańskiej muzyki liturgicznej niż inny ówczesny kompozytor, zwłaszcza na modlitwę wieczorną. Wiele jego hymnów jest wierszowanych, przeznaczonych na mały chór, na który komponował w katedrze w Chichesterze.