Mystkowski od stycznia 1849 roku mieszkał w La Chaux-de-Fonds (Szwajcaria) zajmując się zegarmistrzostwem. W 1854 roku ożenił się w Besançon (Doubs, Francja) z poznaną w Szwajcarii francuską pochodzącą z rodziny zegarmistrzowskiej Eugénie Elise Jeannot. W 1857 roku uzyskuje zgodę na powrót do kraju od władz carskich.
Jako inżynier komunikacji kolejowej pracował na Kolei Warszawsko-Petersburskiej, oddanej do użytku w grudniu 1862 i przebiegającej przez Małkinię.
W czasie powstania styczniowego został mianowany naczelnikiem powiatów ostrołęckiego, przasnyskiego i pułtuskiego. Dowodził dużym oddziałem powstańczym, liczącym na początku maja 1863 roku ok. 1200 ludzi. Wraz ze swoimi żołnierzami pokonał Rosjan w bitwie pod Stokiem 4 maja 1863 i awansował do stopnia podpułkownika. Zginął 13 maja 1863 roku w bitwie pod Kietlanką k. Czyżewa, którą poprzedziła nieudana zasadzka na pociąg wiozący rosyjskich żołnierzyJ. Kryński, Wysokie Mazowieckie. Monograficzny zarys dziejów, Wysokie Mazowieckie, 1992 r. s. 70.J. Szczepański, Powstanie Styczniowe na Mazowszu, „Rocznik Mazowiecki”, T. 25, 2013, s.