Następnie – według oficjalnej wersji – po rozwiązaniu brygady podhalańskiej Witucki ukrywał się w klasztorach: Thymadeuc, Limoges, Lyon. Schwytany przez Niemców, został uwięziony w cytadeli De Laduchere w Lyonie, a stamtąd przewieziony do obozu w Surer, gdzie pracował jako drwal. Zajmował się także preparowaniem paliwa z węgla drzewnego. Przy pomocy przyjaciół przedostał się z obozu do szpitala w Lyonie, a stamtąd uciekł do Montpellier. Prymas Polski August Hlond polecił, aby Bernard Witucki kontynuował studia teologiczne, które musiał przerwać ze względu na ścigające go Gestapo. Biskup François-Louis Auvity skierował go do Saint-Flour, gdzie przyjął go biskup Henri Marie Joseph Pinson. Tam Witucki podjął studia pod zmienionym nazwiskiem – Coulouvrat. Gestapo wpadło na jego trop i musiał uciekać z seminarium. Schronił się w górskiej miejscowości Talizat, skąd miejscowy proboszcz zaprowadził go na folwark Giraltat, gdzie Witucki pracował jako pastuch. Przy okazji gromadził broń i materiały wybuchowe i rozpoczął akcje sabotażowe (wysadzanie linii kolejowych i tuneli w Talizat, Neussargues i Le Lioran). Walczył w bitwie pod Mont-Mouchet. Nie wiadomo, w których konkretnie oddziałach francuskiego ruchu oporu służył lub walczył Witucki, ani której organizacji politycznej one podlegały.