Część analiz molekularnych i morfologicznych sugeruje polifiletyzm lub parafiletyzm wijów, jednak większość przemawia za ich monofiletyzmem. Cechy budowy świadczące na korzyść tego ostatniego dotyczą budowy tentorium (patrz: sekcja o budowie wewnętrznej), oczu (z wyjątkiem przetarcznikokształtnych i strzępnic brak w omatidiach stożków krystalicznych) i układu nerwowego (sposób zgrupowania neuronów reagujących na serotoninę).
W różnych analizach uzyskiwano prawie wszystkie możliwe kombinacje relacji pomiędzy 4 gromadami wijów. Jeden z popularniejszych poglądów każe dzielić wije na tyłopłciowe (Opisthogoneata, obejmujące tylko pareczniki) i przodopłciowe (Progoneata), a te na trójprzysadkowe (Trignatha, obejmujące tylko skąponogi) i dwuprzysadkowe (Dignatha, obejmujące dwuparce i drobnonogi).