W związku z tym bazalne sześcionogi pozostają nieznane, a najstarszymi skamieniałościami są te należące do wczesnodewońskiego Rhyniella praecursor, stosunkowo zaawansowanego już skoczogonka.
Podział wewnętrzny Kladogram sześcionogów wg Kjeret al., 2016
Kladogram sześcionogów wg Luan et al., 2005 W starszych systemach sześcionogi były tożsame z owadami. Gromadę owadów dzielono na podgromady owadów pierwotnie bezskrzydłych i uskrzydlonych. Do tych pierwszych zaliczano w randze rzędów skoczogonki, pierwogonki, widłogonki, przerzutki i rybiki. Późniejsi autorzy wskazali na parafiletyzm tak rozumianych owadów bezskrzydłych. Wyodrębniono więc pierwogonki, skoczogonki i widłogonki w skrytoszczękie. Skrytoszczękim nadawano rangę podgromady owadów lub niezależnej od nich gromady, w drugim przypadku wynosząc sześcionogi do rangi nadgromady lub podtypu. Później część systematyków zaczęła wynosić również skoczogonki, widłogonki i pierwogonki do rangi osobnych gromad w obrębie sześcionogów, co ma uzasadnienie, jako że niepewny jest monofiletyzm skrytoszczękich.