Przez cztery sezony wystąpił 83 razy zdobywając jednego gola.
W 1994 roku Francisco po raz trzeci w karierze zmienił barwy klubowe. Został piłkarzem Deportivo La Coruña, a 24 września po raz pierwszy wystąpił w tej drużynie w meczu ligowym (1:1 z Espanyolem Barcelona). Na koniec sezonu został wicemistrzem Hiszpanii, ale rok później zajął dopiero 9. pozycję. W 1996 roku trafił do Sportingu Gijón (debiut: 2 września w wygranym 3:2 meczu z Espanyolem), ale w 1998 roku spadł z nim do Segunda División. Następnie grał w drugoligowym CD Badajoz i w 1999 roku zakończył piłkarską karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1984/85 Real Saragossa Primera División 1 0 1985/86 Real Saragossa Primera División 0 0 1986/87 Real Saragossa Primera División 2 0 1987/88 Real Saragossa Primera División 23 1 1988/89 Real Saragossa Primera División 37 1 1989/90 Real Saragossa Primera División 37 4 1990/91 Real Madryt Primera División 36 0 1991/92 Real Madryt Primera División 34 1 1992/93 Real Madryt Primera División 9 0 1993/94 Real Madryt Primera División 4 0 1994/95 Deportivo La Coruña Primera División 17 0 1995/96 Deportivo La Coruña Primera División 25 0 1996/97 Sporting Gijón Primera División 38 2 1997/98 Sporting Gijón Primera División 13 0 1998/99 CD Badajoz Segunda División ?