W 1975 reprezentował Kościół na V Zgromadzeniu Ogólnym Światowej Rady Kościołów w Nairobi, gdzie wybrano go do komitetu naczelnego Rady.

W 2008 dziennik Rzeczpospolita podał, iż według dokumentów zgromadzonych w IPN, od 15 grudnia 1973 Jan Anchimiuk świadomie współpracował z SB jako TW „Janek”.

22 lutego 1977 uzyskał stopień naukowy doktora za pracę zestawiającą niektóre kierunki najnowszej egzegezy biblijnej z egzegezą Orygenesa. Trzy lata później otrzymał stopień naukowy doktora habilitowanego na podstawie dorobku naukowego oraz rozprawy habilitacyjnej pt. „Aniołów sądzić będziemy”. Elementy antropologii i angelologii w pierwszym liście św. Apostoła Pawła do Koryntian (Wydawnictwo ChAT, Warszawa 1981). W 1981 został kierownikiem katedry Egzegezy Nowego Testamentu na ChAT.

W 1996 został po raz pierwszy wybrany na rektora Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej i sprawował tę funkcję łącznie przez trzy kadencje.