Gdy operacja czyszczenia bloku zakończy się pomyślnie, do bloku zapisywany jest jeden węzeł tego typu. Tutaj również, tak jak w JFFS, węzły rozpoczynają swój cykl życia jako „ważne”, po czym, gdy w innym miejscu powstanie nowsza ich wersja, zostają „unieważnione”.
Bloki W przeciwieństwie do JFFS, w JFFS2 nie ma koncepcji cyklicznego loga. W jego miejsce pojawiły się bloki, jednostki tych samych rozmiarów, co blok kasowania w pamięciach flash. Bloki są pojedynczo wypełniane i-węzlami, od dołu ku górze. Bloki są ze sobą powiązane w kilku listach: dirty_list: lista bloków, z których każdy posiada co najmniej jeden węzeł do odśmiecenia (unieważniony) clean_list: lista bloków, których wszystkie węzły są ważne free_list: w nowo utworzonym (czystym) systemie plików składa się z bloków posiadających tylko jeden węzeł-znacznik, który mówi, że zawierający go blok został poprawnie wyczyszczony Garbage collection W tle działa garbage collector, który, wykorzystując powyższe listy bloków, przekształca bloki „brudne” w bloki „wolne”. Robi to poprzez skopiowanie „ważnych” węzłów znajdujących się w „brudnych” blokach do nowych bloków, pomijając przy tym węzły „unieważnione”.