Zawodnik grał w Walencji do 1998 roku i rozegrał dla tego klubu 473 mecze i zdobył 116 bramek.
Latem 1998 Fernando odszedł do angielskiego Wolverhampton Wanderers, grającego w Division One. Tam spędził tylko rok i w 1999 roku wrócił do Hiszpanii. Przez jeden sezon występował w CD Castellón, a w 2000 roku zakończył karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1983/84 Valencia CF
Primera División 14 3 1984/85 Valencia CF
Primera División 28 2 1985/86 Valencia CF
Primera División 15 4 1986/87 Valencia CF
Segunda División ? ? 1987/88 Valencia CF
Primera División 34 10 1988/89 Valencia CF
Primera División 36 14 1989/90 Valencia CF
Primera División 37 13 1990/91 Valencia CF
Primera División 24 10 1991/92 Valencia CF
Primera División 36 9 1992/93 Valencia CF
Primera División 38 11 1993/94 Valencia CF
Primera División 30 14 1994/95 Valencia CF
Primera División 37 7 1995/96 Valencia CF
Primera División 42 10 1996/97 Valencia CF
Primera División 29 1 1997/98 Valencia CF
Primera División 21 1 1998/99 Wolverhampton Wanderers
Division One 19 2 1999/00 CD Castellón
Segunda División 0 0 2000/01 CD Castellón
Segunda División 35 10