Napisał także wstępy do serii książek o życiu z chorobami cywilizacyjnymi (cukrzyca, nadciśnienie tętnicze, astma oskrzelowa).
W 1996 roku Cleese odmówił przyjęcia komandorii Orderu Imperium Brytyjskiego (CBE).
W 2003 roku użyczył swego głosu jako mistrz ceremonii na albumie Mike’a Oldfielda Tubular Bells 2003Mike Oldfield – Tubular.net – Tubular Bells 2003.
W 2008 John Cleese zagrał w serii telewizyjnych spotów reklamowych banku BZ WBK. W jednym z nich stwierdzał, że lubi pierogi i ma ciotkę w Pcimiu. Pierwszy spot wyemitowano w połowie lutego.
W 2012 John Cleese zagrał w serii telewizyjnych spotów reklamowych czeskiego banku UniCredit. W jednym z nich stwierdzał, że lubi knedliki i ma ciotkę w Czeskim Cieszynie. Pierwszy spot wyemitowano w połowie lutego.
Obecnie ma tytuł Provost's Visiting Professor na Cornell University, gdzie prowadzi niekiedy zajęcia.
Życie prywatne Jego pierwszą żoną była Connie Booth (od 15 lutego 1968 do 1978). Z tego związku mają jedno dziecko, Cynthię Cleese (ur. 1971).
Cleese ponownie się ożenił w 1981 z amerykańską aktorką Barbarą Trentham. Ich córka Camilla urodziła się w 1984 r. To małżeństwo również się rozpadło, w 1990 r.