Wprowadzenie mechanizacji rolnictwa, nowych odmian roślin, wybudowanie obory i mleczarni, w znacznym stopniu poprawiło sytuację gospodarczą kibucu. W latach 1939–1940 usunięto pozostałości ruin dawnego kościoła, który znajdował się około 200 metrów od zamku krzyżowców. W poszukiwaniu skutecznego rozwiązania narastającego konfliktu izraelsko-arabskiego w dniu 29 listopada 1947 roku została przyjęta Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181. Zakładała ona między innymi, że kibuc Merchawja miał znaleźć się w granicach nowo utworzonego państwa żydowskiego. Arabowie odrzucili tę Rezolucję i dzień później doprowadzili do wybuchu wojny domowej w Palestynie. Na samym jej początku siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej zajęły pobliskie wioski i sparaliżowały żydowską komunikację w regionie. Dopiero działania izraelskiej armii podjęte na początku I wojny izraelsko-arabskiej zabezpieczyły Dolinę Jezreel, stwarzając warunki do dalszego rozwoju tutejszych osiedli. Po wojnie kibuc Merchawja przyjął grupę młodzieży ocalałej z Holocaustu w Europie. W 1960 roku w kibucu powstała fabryka Plassim, która produkowała rury z tworzyw sztucznych. Była to pierwsza taka fabryka w kraju. Rozwijano tutaj technologie nawadniania sadów i pól uprawnych, oraz doskonalono rozwiązania sieci kanalizacyjnych.