Po powrocie do kraju w 1556 r. Jan Łaski założył Polski Kościół Ewangelicko-Reformowany. W latach sześćdziesiątych, w wyniku rozłamu w Kościele reformowanym, powstał trzeci znaczący kierunek reformacyjny – bracia polscy, których charakteryzował unitarianizm i chrześcijański pacyfizm.

Postulat wspierania polskich innowierców znalazł się jako punkt tajny we wszystkich traktatach sojuszniczych rosyjsko-pruskich od roku 1730Zofia Zielińska, Polska w okowach „systemu północnego” 1763–1766, Kraków 2012, s. 53..

Ewangelikalni protestanci pojawili się na ziemiach polskich w XIX wieku. Pierwszymi byli pietystyczni luteranie. Baptyści zapoczątkowali swoją obecność przez dokonanie chrztu na podstawie wyznania wiary i jako wyrazu osobistego doświadczenia nowonarodzenia został 18 września 1844 w Elblągu. W krótkim czasie powstały kolejne zbory baptystyczne. W tym samym stuleciu na ziemiach polskich pojawili się także adwentyści dnia siódmego. Pierwszy ośrodek Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego powstał w 1888 w zaborze rosyjskim na Wołyniu.