25 marca siedmioletnia Germaine miała nagły atak "duszenia", który jednak przeżyła, a na jej szyi pozostały czerwone sińce. Germaine zginęła dzień później w czasie następnej wizyty Weber, a cztery dni później zmarł Marcel, syn Weber. Pomimo oczywistych śladów duszenia na szyjach dzieci ich śmierć została wytłumaczona błonicą.
5 kwietnia Weber została złapana na gorącym uczynku przez jej dwie bratowe, kiedy powróciły one do domu z zakupów, zastając Weber duszącą jej 10-letniego siostrzeńca Maurice'a. Weber została aresztowana. Na zlecenie prowadzącego śledztwo prokuratora, sekcję zwłok zmarłych dzieci oraz badanie Maurice'a wykonał profesor medycyny sądowej Léon Henri Thoinot. Z powodu rozkładu zwłok nie stwierdził on zmian charakterystycznych dla duszenia, jak również takich zmian nie stwierdził badając Maurice'a (badanie prowadzono dłuższy czas od duszenia). Pomimo tego stanęła przed sądem 19 stycznia 1906 z zarzutem ośmiu morderstw – łącznie z trójką jej własnych dzieci i dwoma innymi dziećmi, które zginęły wcześniej będąc pod jej opieką. Ława przysięgłych nie uznała dowodów winy Weber (jej obrońca wykorzystał opinię Thoinota) i wyszła ona na wolność 6 lutego.