W 2006 roku została ministrem stanu w departamencie zdrowia.
W 2007 roku kierowała kampanią wyborczą Hazel Blears na wiceprzewodniczącego partii. Blears wybory te przegrała. W czerwcu 2007 roku Flint została przeniesiona do departamentu pracy i emerytur, gdzie była ministrem odpowiedzialnym za zatrudnienie. Otrzymała również nowo utworzone stanowisko ministra ds. Yorkshire i Humber. W styczniu 2008 roku została ministrem stanu ds. budownictwa i planowania. Piastując to stanowisko, miała prawo uczestniczyć w posiedzeniach ścisłego gabinetu. W październiku 2008 roku została ministrem stanu ds. EuropyIn full: Cabinet reshuffle, BBC News (2008-10-03). Flint zrezygnowała ze wszystkich stanowisk 5 czerwca 2009 roku. W liście do Gordona Browna napisała, że jej rezygnacja jest protestem przeciwko traktowaniu kobiet w gabinecie jako „kobiecego upiększacza”'Just female window dressing' - Full text of Caroline Flint's resignation letter.
Flint jest żoną Phila Cole’a, swojego wieloletniego partnera, którego poślubiła w lipcu 2001 roku.